قسم ضمان الجودة تم تأسيسه عام 2014 ليقوم بتغطية جميع متطلبات الجودة بسيتكو فارما. حسب الأنظمة واللوائح الجديدة، تعتبر الجودة حجر الأساس لكل وكالات الأدوية ووكالات المنتجات المستهلكة عن طريق الانسان. من هذا المنطلق قررت سيتكو فارما إختيار هذا الطريق لتكون السباقة في السوق السعودي في تطبيق معايير الجودة، وقامت بإختيار أعلى المواصفات والمعايير لتطبيقها كمعايير وأنظمة منظمة الصحة العالمية، الإتحاد الأوروبي، منظمة الأدوية والأغذية الإمريكية، المجلس الدولي لمواءمة المتطلبات الفنية لتسجيل الأدوية للإستخدام البشري، وسياسات وإجراءات جمعية الصيادلة الأمريكية. إدارة ضمان الجودة قامت بتطبيق التخطيط العام للتتنفيذ باستخدام نموذج التحسين المستمر للأداء FOCUS PDCA والذي يعني:

F= البحث عن فرصة

O= تأسيس الفريق

C= توضيح العمليات

U= فهم العمليات

S= بداية الخطيط

P= التخطيط

D= التنفيذ

C= المراجعة

A= التحسين